重组疫苗的优点主要是易于贮存运输、使用方便等，缺点主要是是存在安全性问题。灭活疫苗的优点主要是安全、易保存，缺点主要是是免疫时间较短、接种量比较大等，具体如下：
1、重组疫苗的优点主要是易于贮存和运输，使用方便，制备简单，容易大量生产，成本低；缺点是存在安全性问题，不能完全排除少数质粒DNA插入到染色体上引起突变的可能性，一旦整合到基因组中，就可能使细胞癌基因激活或抑癌基因失活。此外会有免疫耐受问题，基因疫苗体内持续产生抗原蛋白，可能打破机体本身的免疫平衡，引发免疫耐受。
2、灭活疫苗的优点是比较安全，容易保存。这种疫苗一般不会导致细菌在体内繁殖，也不会出现相应的疾病，同时对身体造成的影响并不大，不会导致太多的过敏症状；缺点是免疫时间较短、接种量比较大。灭活疫苗一般需要进行多次接种，如果只接种一次有可能起不到保护作用。