儿童、过敏性体质、哺乳期妇女、孕妇等人群，一般是不能服用嗜酸菌的。
嗜酸菌是一种可以调节肠道菌群的有益菌种，可以抑制肠道有害菌滋生，维持肠道微环境稳定。减少垃圾、毒素在身体中的积累，减轻肠道、肝脏负担，缓解腹泻症状。
嗜酸菌可能会导致患者出现过敏症状，如出现出皮疹、局部瘙痒的情况，所以免疫力比较低下的儿童和有过敏性体质的人群一般是不可以服用的。因为嗜酸菌引起的禁忌症尚不明确，所以最好也不要让哺乳期妇女、孕妇服用。
患者在服用嗜酸菌的同时，最好不要与其他药物共同服用，可能会相互作用引起治疗效果不明确的情况。