每天三点多就醒可能是因为有植物神经功能紊乱、抑郁症、睡眠呼吸暂停综合征等疾病导致的。
1、植物神经功能紊乱。内分泌紊乱、心理受过创伤、生活习惯不良等情况，可能会引起植物神经功能紊乱，出现每天三点多就醒的现象。可遵医嘱服用维生素B1、谷维素等药物进行治疗。而且在平时要规律作息、调整心态、少摄入含有兴奋成分的食物。
2、抑郁症。性格敏感、害羞、内向，有被虐待、被冷淡等阴影经历，可能会出现抑郁症引起早醒现象。可遵医嘱服用米氮平、西酞普兰等药物进行治疗。也可以通过行为认知疗法、催眠疗法、团体疗法等心理方式进行改善。
3、睡眠呼吸暂停综合征。对于有巨舌症、肺心病、慢阻肺、鼻中隔偏曲、肥胖等现象的患者，容易出现睡眠呼吸暂停综合征，引起睡眠质量不好的情况。可通过吸氧、减肥等方式进行改善，有的患者也可以通过手术的方式切除扁桃体、鼻息肉、纠正鼻中隔，缓解症状。