无菌性尿道炎通常是指非细菌感染所导致的尿道炎，可能是由于支原体、衣原体感染，或者尿道内结石等所导致的，患者可以根据实际病况给予预防治疗、药物治疗、物理治疗等处理。
1、预防治疗：患者在日常生活中可适当多饮水，增加体育锻炼，限制高嘌呤物质的摄入，可以预防尿道内口晶体物质淤积，降低发生各类结石症。
2、药物治疗：如果患者出现尿急、尿痛等由无菌性尿道炎引发的症状，也可以在医生指导下使用热淋清颗粒、清浊祛毒丸等药物对症治疗。
3、物理治疗：部分由于尿道内结石引起无菌性尿道炎的患者，可以通过物理治疗达到碎石的目的，从而预防尿道炎的反复发作，常见治疗方法为体外冲击波碎石术。
除上述的治疗方式外，若是尿道外口狭窄、尿道肿瘤等原因导致的，还可进行手术治疗，比如尿道扩张术、尿道部分切除术伴腹股沟淋巴结清除术等。