一般情况下肌肉注射比皮下注射疼，但是由于个体之间的差异以及注射人员的手法不同，具体是肌肉注射疼还是皮下注射疼还需因人而异，并不能一概而论。
皮下注射指的是将药液注射到皮肤与肌肉之间的组织，注射时一般不会损伤到周围的软组织或血管，因此所引起的疼痛相对比较轻；而肌肉注射则是将药液直接注入到肌肉层内，进针时可能会损伤到局部软组织、神经或引起血管出血等，而且注射过程中还可能会导致少量的药液停留在组织间隙间，引起的疼痛相对较重。
无论是肌肉注射还是皮下注射，其所引起的疼痛，多数患者都可以忍受，所以无需特殊治疗，注意观察即可。但是在注射后的三天内，患者要尽量避免让针口沾水，以免引起感染。