小便末尾有痛感可能和前列腺炎、膀胱炎、尿道结石等原因有关，应针对病因采取处理措施。
1、前列腺炎：前列腺炎主要是以尿道刺激症状为临床表现，如尿频、尿急、尿痛、排尿困难等，所以会引起小便末尾有痛感，其发生和久坐、骑车、性生活过于频繁、受凉等有关。一般可在医生的指导下口服妥布霉素、左氧氟沙星等药物治疗。
2、膀胱炎：膀胱炎主要是发生在膀胱部位的炎症反应，是由特异性或非特异性细菌感染而引起，典型的症状为尿频、尿急、尿痛、尿失禁等，发病时也会引起小便末尾有痛感。一般可给头孢呋辛钠、盐酸环丙沙星等药物治疗。
3、尿道结石：尿道结石多数是继发于肾结石、膀胱结石，是由该部位的结石通过输尿管排入尿道而引起，如果是较小的结石，在排尿的过程当中可能会阻塞尿道，从而会引起小便末尾有痛感。一般确诊后可给予尿道外口切开取石术、经会阴尿道切开取石术治疗。