做肠道菌群移植其操作相对比较简单，通常需要住院2~3天，少数人群若出现突发症状，其住院的时间有可能会相对延迟至5~7天甚至更长时间。
肠道菌群移植一般是通过粪菌移植，其目的主要是达到调节菌群失衡的作用，通常需要筛选合适的供体，调整其生活习惯，由专业医生对供体粪便进行采集，将筛选到的健康粪便制成菌丸进行保存，然后需要患者进行各项检测，通过配型来获得最合适的菌群，然后进行移植。其过程操作比较简单，通常不超过半个小时，所以患者住院2~3天就可以出院。但极少数患者在粪便移植后，可能会引起消化道感染、肠炎等副作用，所以住院的时间可能会相对延迟，部分患者可能延迟至5~7天甚至更长时间。
所以建议做肠道菌群移植的患者，一定要在医生指导下制定健康管理方案，有助于菌群在肠道内生殖，以免发生副作用而影响预后。