肛门每天早上五六点就痒，可能和肛窦炎、痔疮、肛周脓肿等因素有关，应根据具体原因给予对应的处理措施。
1、肛窦炎：肛窦炎是发生在肛窦的急慢性炎症，通常是由细菌感染所导致，当肛门处的黏膜受到细菌刺激时可能会导致分泌物增多，在夜间入睡时受到体位等因素影响，可能会导致分泌物流至肛门处，从而引起肛门每天早上五六点就痒。肛窦炎者在疾病初期，应及时控制感染症状，可遵循医嘱给予高锰酸钾等药物进行坐浴，还可给予阿奇霉素片、阿莫西林胶囊等抗菌类药物进行治疗。
2、痔疮：痔疮可分为内痔、外痔、混合痔，属于常见的肛肠疾病。痔疮也可能会对肛门处的黏膜造成刺激，进而引起分泌物增多，受到夜间体位等因素影响时，也可导致肛门每天五六点就痒。对于痔疮患者，在日常生活当中需要更加注意个人的卫生习惯，可以经常使用温水对局部进行清洗，还可在医生的指导下给予痔疮栓、苦参洗液等药物改善临床症状。
3、肛周脓肿：肛周脓肿主要是指肛管、肛门周围软组织发生化脓性的感染形成的脓肿。随着脓肿逐渐的增大，破溃之后也会有较多的液体，当流至肛门处时，也可能会导致肛门每天早上五六点就痒的情况，通常还会有红肿、热痛等症状。若在进行检查时发现脓肿已经破溃，可使用生理盐水对局部进行冲洗，脓液比较多者，还需遵循医嘱使用双氧水进行冲洗。对于高位的脓肿且全身症状比较重者，可遵循医嘱采取切开引流术治疗，将脓液引流出体外。