糖蛋白抗体在临床上通常指的是抗β2-糖蛋白1抗体，测定该成分在人体中的水平对辅助诊断抗磷脂抗体综合征、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、自然流产等现象具有一定价值。
抗β2-糖蛋白1抗体通常在发生自身免疫性疾病时出现，可作为辅助诊断自身免疫性血栓的标志物。通过检测该抗体，可判断患者是否有与该抗体异常有关的疾病。比如抗β2-糖蛋白1抗体高于正常值时，患者出现抗磷脂抗体综合征、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等疾病的几率会比较高。同时，β2-糖蛋白1抗体高也是自然流产的病因之一。
患者在出现血管血栓、脑卒中、二尖瓣受累等现象的时候，也可以通过测定抗β2-糖蛋白1抗体进行辅助诊断。