新生儿疾病筛查在50天做是可以的，但已经超过了较佳的筛查时间。
新生儿疾病筛查通常在出生后2~3天做比较合适，尽量不要超过20天，且在做疾病筛查前，需要进行至少6~8次哺乳，如果未能进行足够次数的哺乳，其血中的苯丙氨酸不会上升，所以很容易影响检查结果。一般情况下，越早进行新生儿疾病筛查，则可以越准确的排除各种先天性遗传疾病，从而能够及早进行干预治疗。如果在新生儿出生后没有及时做疾病筛查，也可以在50天进行补做，但其检查结果可能会受到影响，需要根据具体情况遵医嘱进行。
新生儿疾病筛查主要是了解有无先天性甲状腺功能减退症、苯丙酮尿症等疾病，需要家长引起重视，尽量选择合适的时间做。