运动后肚子两侧疼痛可能是运动不当、肠胃疾病以及泌尿系统疾病等原因引起。
1、运动不当：如果平时不经常运动，或者做的是剧烈运动，可能由于运动姿势不当、运动幅度过大等原因，导致肚子两侧肌肉出现乳酸堆积，或者出现腹壁肌肉拉伤，就会引起运动后肚子两侧疼痛。
2、肠胃疾病：如果患者存在消化不良、腹胀以及便秘等症状，可能由于胃肠道中有过多的食物堆积或气体堆积，若此时进行剧烈运动，容易造成运动后肚子两侧疼痛。
3、泌尿系统疾病：若患有泌尿系统炎症、泌尿系统结石等疾病，可能运动时使泌尿系统受到了刺激，从而导致运动后肚子两侧疼痛。