肝囊肿包括多种的类型，不同的类型原因也不相同，常见的类型包括寄生虫性肝囊肿、肿瘤性肝囊肿、炎症性肝囊肿、先天性肝囊肿等。
1、寄生虫性肝囊肿：寄生虫性肝囊肿是由细粒棘球蚴虫和多房棘球蚴虫感染所引起的一种肝部疾病，通常好发于牧业区。
2、肿瘤性肝囊肿：当肿瘤转移至肝脏时，可导致肿瘤性的肝囊肿，也可能和肝部发生原发性的肿瘤有关。
3、炎性肝囊肿：炎性肝囊肿的发生，通常与肝内胆管的炎症以及肝胆管内的结石有关，受到此类因素影响时会导致胆管狭窄，进而形成潴留性的囊肿。
4、先天性肝囊肿：先天性肝囊肿主要是由先天性因素所导致，大多和胚胎时期肝内胆管和淋巴管发育障碍有关。