睡觉时小肚子酸胀可能是盆腔炎、输尿管结石以及胃肠道疾病等原因造成。
1、盆腔炎：如果平时的性生活比较活跃，或者做过输卵管通液术、宫腔镜检查等，可能会使病原体侵入盆腔，而引起盆腔炎症反应，此时则会出现腹部酸胀、疼痛不适的症状，而且会在活动后、性交后症状加重，因此会造成睡觉时小肚子酸胀。
2、输尿管结石：通常是肾结石在排出的过程中，在输尿管的狭窄处受到阻碍，而暂时停留在了输尿管，此时患者会出现腰背部疼痛、发热、血尿的症状，并伴随小肚子酸胀的情况。
3、胃肠道疾病：如果存在急性肠炎、十二指肠溃疡以及肠梗阻等疾病，可能会出现腹部疼痛、腹胀以及腹泻等症状，此时也会引起睡觉时小肚子酸胀。