两边眉骨不一样高原因可能是先天性因素、外伤以及感染等。
1、先天遗传因素：若是父母的两边眉骨不一样高，由于遗传基因的问题，子女的眉骨也会出现高低不同，或者是在胚胎时期，眉骨发育出现了异常，进而造成两边眉骨不一样高。
2、外伤：如果两边眉骨受到了磕碰、撞击以及跌打伤等外伤，可能会使局部的软组织、骨质受到损害，出现红肿、疼痛等症状，若是伴随眉骨骨折，可能会造成两边眉骨不一样高。
3、感染：如果两边眉骨处的皮肤受到了细菌、真菌等感染，可能会使局部的软组织出现炎症反应，此时两边眉骨处则会出现水肿、疼痛等症状，所以会出现两边眉骨不一样高的现象。