生理期通常是指月经期，月经期是不可以做肠镜检查的。
肠镜检查主要是使用一根细长且可弯曲的医学仪器，通过肛门直接进入直肠，可以观察到结肠以及大肠的内部情况，判断局部是否存在病变。如果是在月经期，通常是不可以做肠镜检查的，因为月经期女性的抵抗力比较弱，加之肛门和阴道口的距离比较近，月经血会污染检查仪器，并进入直肠内，进而会影响到检查结果，会误诊为是肛裂、肠道出血、内瘘等疾病。如果肠镜检查过程中未做好局部的防护措施，病原微生物还会进入阴道，甚至累及子宫以及宫颈部位，造成该器官组织出现炎症反应，例如阴道炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，所以月经期是不可以做肠镜检查的。
女性可以在月经期结束后的3~7天前往医院做肠镜检查，而且在月经期间还要做好个人的防护措施，内裤和卫生巾要经常更换。