发烧通常指发热，而小儿发热39℃考虑是幼儿急疹、流行性感冒、肺炎等原因所引起的，需要明确引起原因后对症处理。
1、幼儿急疹：是一种出疹性疾病，主要是病毒感染所致，可导致小儿出现持续性的高热，体温通常大于39℃，同时还会伴有咳嗽、流鼻涕等其他表现，属于自限性疾病，只需要针对发烧治疗即可，如在医生的指导下服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚口服溶液等药物进行退热。
2、流行性感冒：小儿的抵抗能力比较差很容易受到流感病毒的侵袭，引起高热、咳嗽、头晕等表现。在服用上述退热药物的同时，还需要在医生的指导下规范性服用磷酸奥司他韦颗粒、利巴韦林颗粒等药物进行抗病毒治疗。
3、肺炎：当小儿的肺部受到细菌、病毒等病原微生物的感染时，也会出现发热39℃的情况，主要是病原微生物所释放出的毒素刺激体温调节中枢所致，同时会伴有咳嗽、咳痰等典型症状。服用退热药物期间还需要遵医嘱联合服用阿奇霉素干混悬剂、阿莫西林颗粒等药物进行消炎治疗。
除此以外，肺结核也会引起上述症状，所以具体原因还需要完善血常规、CT等相关检查才能明确。