长跑肚子疼可能是由于肌肉痉挛、胃肠道痉挛、肌肉拉伤等原因导致的，可通过物理方法、口服药物、局部用药等方式治疗。
1、肌肉痉挛：如果在长跑前没有做好充分的热身工作，会导致腹部肌肉和神经出现痉挛性收缩，从而引起肚子疼症状。可使用热水袋对腹部进行热敷，可促进局部血液循环改善症状。
2、胃肠道痉挛：在长跑时如果吸入大量冷空气，或者大量喝水，会导致胃肠道受到刺激，从而引发痉挛性收缩，引起长跑肚子疼症状，同时伴有腹胀、呕吐等。可遵医嘱服用解痉挛药物治疗，如盐酸消旋山莨菪碱片、颠茄片等，可有效的改善症状。
3、肌肉拉伤：如果在长跑时姿势不正确，或者运动时间过长，会导致腹壁肌肉纤维组织出现撕裂性损伤，从而引发肚子疼情况，同时伴有按压疼痛、活动受限等。可使用毛巾包裹冰块对患处冷敷，可促进血管收缩减轻疼痛，同时遵医嘱局部涂抹云南白药酊、消肿止痛酊等，可起到止痛、消肿的作用。
长跑肚子疼除以上常见原因外，还有可能存在其他病因，如急性胃肠炎，所以应及时前往医院完善检查，明确病因，对症治疗。