长跑时腹部疼可能是由于胃肠道痉挛、肌肉拉伤、急性胃肠炎等因素导致的，可通过物理方法、局部用药、口服药物等方式治疗。
1、胃肠道痉挛：在长跑时如果吸入大量的冷空气，可能会对胃肠道造成刺激，使其产生痉挛性收缩，引起腹疼的症状，可遵医嘱服用颠茄片、消旋山莨菪碱片等解痉药物进行治疗，可有效改善不适症状。
2、肌肉拉伤：如果跑步姿势不正确或者过于剧烈，可能会导致腹部肌肉纤维组织受损，引起腹疼、酸胀等症状。可使用毛巾包裹冰块对患处冷敷，可有效地促进血管收缩，减轻疼痛的症状。必要时可遵医嘱局部涂抹云南白药气雾剂、消肿止痛酊等药物，缓解不适症状。
3、急性胃肠炎：如果吃了不干净的食物，或饮用生水，可能会对胃肠道黏膜造成刺激，使其出现炎症性感染，出现腹痛的症状，并伴有腹泻、呕吐等症状。患者可以遵医嘱服用头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊、青霉素V钾片等抗感染药物治疗。
除以上常见因素外，还有可能是其他原因导致，例如结肠炎，应完善相关检查，明确病因后对症治疗。