小通草通常是可以代替通草的，因为两种药物的药用价值比较相似，但具体还要遵医嘱选用。
小通草和通草存在一定的区别，通常情况下，小通草为旌节花科植物喜马山旌节花，而通草是五加科植物通脱木的干燥茎髓，两者的来源地存在差异。但两者都属于性寒的药物，都能够起到清热利尿、通气下乳的作用，所以在治疗某些疾病时，其小通草是可以代替通草的。但由于每个人的病情轻重程度不同，因此，在使用药物时，不能私自盲目更换替代，需要在医生指导下合理应用。
此外，无论是选用通草，还是小通草治疗疾病，其饮食方面都需要以清淡、易消化的食物为主，以免食物因素影响药物成分的吸收，而不利于病情的恢复。且在用药期间还要监测药物治疗效果，根据病情恢复的情况遵医嘱减量或者停药。