跑操后肚子特别疼，可能是由于胃肠痉挛、腹直肌痉挛、急性阑尾炎等因素导致的，可通过物理方法、口服药物、手术方式治疗。
1、胃肠痉挛：如果在跑操前吃了不易消化的食物，会导致胃肠道肌肉出现痉挛性收缩，引起腹部疼痛症状，同时并伴有恶心、呕吐等。患者可遵医嘱服用解痉挛药物治疗，如盐酸消旋山莨菪碱片、颠茄片等，可有效的改善症状。
2、腹直肌痉挛：如果在跑操前没有做好热身工作，会使腹直肌持续处于紧张状态，同时在跑操后机体大量排汗，会使机体水分、盐分大量丢失，从而引起腹直肌痉挛，出现肌肉疼痛症状，同时并伴有酸胀感、按压疼痛等。可使用热水袋对腹部进行热敷，可促进局部血液循环改善症状，同时可适当的饮用淡盐水，可维持体液和电解质平衡，改善症状。
3、急性阑尾炎：如果跑操时强度较大，会在胃肠道蠕动的作用下，使阑尾管壁出现水肿、充血，造成阑尾管腔堵塞，出现右下腹疼痛，同时并伴有腹泻、腹胀等。可前往医院进行开腹手术、腹腔镜手术等治疗。
跑操后肚子特别疼，除以上常见因素外还有可能存在其他原因，如韧带损伤，所以应完善检查，对症治疗。