早孕有褐色分泌物小腹不舒服，需要根据引起的原因采取对应的处理措施，常见的因素包括先兆流产、宫颈炎、宫颈息肉等。
1、先兆流产：发生先兆流产后，部分胚胎组织与宫腔分离的过程中，可能会对子宫造成刺激，引起少量出血，产生腹痛、分泌物异常等现象。对于黄体功能不全所引起的先兆流产，可以在医生指导下给予地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行保胎处理，还应注意多休息，避免重体力劳动。
2、宫颈炎：宫颈炎发生后，会导致宫颈局部组织处于充血、水肿的状态，受到炎症因子长时间侵袭时，可能会导致充血部位异常渗出，出现褐色分泌物、腰痛、腹痛等临床症状。可在医生指导下给予抗生素类药物控制感染，如阿莫西林胶囊、阿奇霉素分散片等。
3、宫颈息肉：宫颈息肉上有丰富的血管，受到外力损伤以及炎症因子侵袭后，可能会造成息肉组织破裂出血，引起腹痛、接触性出血等症状。如果息肉的体积较小，可以持续观察，如果息肉的体积比较大，反复引起出血，可在孕中期时采取息肉摘除术。
此外，也不排除和子宫内膜异位症、子宫内膜息肉等因素有关，需通过检查明确诊断后才能采取对应的处理措施。