跑步右侧膝盖内侧疼痛可能是非疾病因素引起，也可能是扭伤、骨关节炎等疾病因素造成，需根据个人情况处理。
一、非疾病因素
长时间超负荷运动，可造成代谢产物过多堆积，刺激周围末梢神经后引起疼痛。在适当休息后，代谢产物会逐渐消失，症状一般也会随之缓解。
二、疾病因素
1、扭伤：跑步过程中若右侧腿部内侧副韧带扭伤，会因局部充血、肿胀，产生疼痛感。需立即停止运动，在24小时内可用冰袋冷敷，能减少渗出、肿胀；24小时后改为热敷，能促进血液循环，缓解症状。
2、骨关节炎：腿右侧有骨关节炎，可因膝关节内关节、软骨破损退变，导致关节内产生无菌性炎症，引起滑膜及软骨红肿、疼痛等，跑步时会刺激病变部位，加重症状。平时要多注意休息，对于疼痛严重者，可在医生指导下使用布洛芬缓释片、对乙酰氨基酚片等药物。必要时可采取关节修复、关节融合等手术治疗。
此外，类风湿关节炎也可引起上述情况，建议及时就诊，在医生的指导下进行规范化的治疗。