儿童嘴巴长疱疹主要和单纯疱疹、手足口病、带状疱疹等疾病有关，应根据引起原因治疗。
1、单纯疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，病毒存在于感染者口鼻、疱液当中，通过密切接触传染。病毒侵犯皮肤黏膜后在局部增殖，造成疱疹复发。可遵医嘱使用抑制病毒复制的药物治疗，包括阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦胶囊等。
2、手足口病：和水痘-疱疹病毒感染有关，病毒在局部黏膜增殖后初次进入血液形成病毒血症，随后可在网状内皮系统复制，散播至皮肤表层黏膜细胞，主要症状表现包括发热、出疹等。目前暂无特效药物治疗，主要采取对症治疗。发热时可先进行物理降温，如果体温超过38.5℃，可遵医嘱服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂等治疗。
3、带状疱疹：主要是体内残存的水痘-疱疹病毒再次被激活引起，和机体免疫力降低有关，病毒随之在皮肤当中复制，产生水疱、皮疹等不适。可在医生指导下联合应用糖皮质激素和抗病毒药物治疗，如泼尼松片、泛昔洛韦分散片等。
另外，还需要考虑疱疹性咽峡炎，患者典型症状包括咽峡疱疹、发热、咽痛等，应尽早就医治疗。