阿伦磷酸钠和阿法骨化醇不存在哪个治疗骨质疏松效果更好的说法，两种药物的作用机制不同，如果遵医嘱对症使用，均可以起到较好的治疗效果。
1、阿伦磷酸钠：常见的剂型为片剂，属于一种骨代谢调节剂，通常可以抑制破骨细胞活性，可适用于改善绝经后引起的骨质疏松症。
2、阿法骨化醇：常见剂型为胶囊剂，其药物成分在体内可以起到调节钙、磷平衡的作用，同时还可以降低血浆中甲状腺激素水平，一般用于缓解女性绝经期和使用激素类药物引起的骨质疏松症。
但两种药物长时间吃，均会引起药物不良反应，包括恶心、腹痛、腹泻、便秘等。因此，当机体出现骨质疏松症相关的症状时，需前往医院就诊，由专业医生根据自身情况选择合适药物进行治疗，并掌握合适的剂量和疗程。