深呼吸肩膀疼可能是生理因素，也可能是肌肉拉伤、肩周炎等病理因素造成。
一、生理因素：长时间保持一个姿势，或进行重复性活动时，会导致肌肉组织过于疲劳和紧张，在深呼吸时会出现肩膀疼痛的现象。通常属于正常生理现象，一般纠正不良的姿势和适当活动后，有助于症状改善。
二、病理因素
1、肌肉拉伤：不正确的运动姿势，或者是肩膀受到外力撞击之后，会导致局部组织损伤，在深呼吸时也会引起肩膀疼的现象。短时间内可通过局部冷敷促进血管收缩，减轻肿胀疼痛。48小时后通过热敷，加快血液循环，促进肩关节部位肌肉拉伤的恢复。
2、肩周炎：肩部周围的肌肉软组织和肌腱等部位发生炎症后，会导致肩部疼痛和功能受限，在深呼吸时，胸廓扩张刺激肩部炎症后，会出现明显的肩膀疼。建议在医生指导下服用对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物控制炎症缓解疼痛。
此外，还可能是颈椎病、胸膜炎、急性肺栓塞等疾病造成的，如果症状持续时间过长，建议及时到医院骨科、普通内科等科室进行检查，根据引起的原因选择针对性治疗措施。