跑完步第二天肚子两边疼可能是生理性原因如乳酸堆积引起的，也可能是病理性原因如肌肉拉伤或肠痉挛等引起的，若疼痛严重需检查原因后治疗。
一、生理性原因：跑步由于剧烈运动导致局部肌肉乳酸堆积，刺激局部神经而引起疼痛不适，可局部热敷或轻柔按摩缓解。
二、病理性原因
1、肌肉拉伤：运动前没有做好热身，局部肌肉处于紧张状态，没得到完全松解，剧烈运动撕扯肌肉导致受伤而引起疼痛。可局部冷敷，遵医嘱外用云南白药气雾剂、双氯芬酸二乙胺凝胶、吲哚美辛巴布膏等药物缓解。
2、肠痉挛：跑步时导致胃内容物频繁移位以及身体消耗大量能量和血供，使胃肠道缺血缺氧，胃肠道平滑肌收缩痉挛，从而引起上述情况。可遵医嘱使用颠茄片、山莨菪碱片、附子理中丸等药物缓解。
除了上述原因之外，肠炎、胃炎或阑尾炎等疾病也会引起上述不适，建议先休息观察，若不适感严重需及时去医院检查治疗。