运动后肩部有摩擦的声音可能是生理性因素，也可能是病理性因素，比如肩周炎、骨关节炎等导致，可根据不同原因选择相应处理方法。
一、生理性因素
可能是肩部在活动过程中肩关节软组织产生摩擦所发出的声音，一般属于正常生理现象，不会引起身体不适，不需要进行特殊治疗，平时可适当进行颈肩部活动，加强软组织的灵活性。
二、病理性因素
1、肩周炎：可能是肩周炎引起软组织损伤，活动时造成肩胛骨和上臂骨接触点的稳定性变差或发生位移引起局部摩擦增大导致，还可能会伴有局部疼痛、活动受限等现象，可在医生指导下服用非甾体类抗炎药，比如洛索洛芬钠片、布洛芬缓释片、双氯芬酸钠缓释片等减轻炎症，缓解疼痛。如果药物治疗改善效果不理想，可根据医生建议选择肩关节前路松懈术进行治疗。
2、骨关节炎：可能是关节软骨及周围滑囊、韧带和肌肉等结构出现不同程度的损伤，由于肩部软骨出现磨损，活动时肩部关节表面之间的摩擦比较大，通常会出现摩擦音，并伴有关节肿胀、疼痛现象，可在医生指导下使用营养关节软骨的药物，比如硫酸软骨素加钙片、盐酸氨基葡萄糖胶囊、玻璃酸钠注射液等，调节软骨细胞代谢，延缓疾病发展。若存在关节畸形，药物治疗改善不理想，可根据医生建议选择关节软骨损伤修复、关节清理术等手术治疗。
此外，滑囊炎、滑膜增生、痛风性关节炎等原因也可能会引起运动后肩部骨头咔咔响的情况，可及时到运动医学科就诊，明确病因，对因治疗。