一侧舌根部疼痛有水疱样物质的原因可分为非疾病因素和疾病因素两种，疾病因素比较常见的有口腔溃疡、口腔疱疹等，可根据不同原因选择合适的处理方法。
一、非疾病因素
可能是进食过热的食物或水烫伤舌头，引起舌根处出现水疱，伴有疼痛现象，可在医生指导下使用林可霉素利多卡因凝胶、康复新液或口服维生素C片等药物进行治疗，减少局部感染，促进伤口愈合。
二、疾病因素
1、口腔溃疡：可能是溃疡在口腔黏膜壁上形成水疱，破裂后液体渗出，溃疡面受到唾液食物刺激，会出现持续性疼痛现象，可遵医嘱用复方醋酸地塞米松软膏、醋酸氢化可的松片、丙酸倍氯米松鼻气雾剂等药物进行治疗，减轻疼痛，加速溃疡愈合，但要注意12岁以下儿童不宜使用，需在医生指导下合理用药。
2、口腔疱疹：可能是单纯疱疹病毒刺激舌根处神经末梢，引起局部黏膜细胞损伤和水肿，形成水疱，并伴有舌根处刺激性疼痛现象，通常可在医生指导下使用阿昔洛韦片、阿昔洛韦软膏、复方苯佐卡因凝胶等药物减轻感染，促进溃疡愈合。
此外，舌乳头炎、疱疹性咽峡炎、舌根部淋巴滤泡增生等原因通常也会出现舌根部疼痛有水疱样物质的现象，建议及时就诊，明确诊断，遵医嘱治疗。