睡醒舌头疼可能是非疾病因素引起，也可能是疾病因素导致，比如口腔溃疡、反流性食管炎等。
一、非疾病因素
睡觉前食用辛辣刺激性食物，对舌头上的神经造成刺激，或者在睡觉时牙齿不小心咬到舌头，导致舌头破损等原因，均有可能引起舌头表面疼痛、肿胀等现象。建议多喝水，清淡饮食，症状会逐渐缓解。
二、疾病因素
1、口腔溃疡：喝水比较少、经常吸烟、舌头表面受到创伤等原因，有可能导致舌头表面出现口腔溃疡，引起舌头疼痛、饮食困难等现象。可以在医生的指导下使用口腔溃疡凝胶、冰硼散、复方苯佐卡因凝胶等药物治疗，缓解症状。
2、反流性食管炎：患有反流性食管炎时，会导致胃酸和消化液倒流入食管，对喉部和口腔内软组织造成刺激，引起局部炎症和肿胀，使患者出现睡醒起来舌头疼，并伴有干涩、发苦的症状。建议遵医嘱服用奥美拉唑钠肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等药物抑制胃酸，减轻症状。
此外，还可能是上呼吸道感染、舌乳头炎、舌炎、灼口综合征等原因导致。建议到医院就诊做详细检查，在医生指导下进行治疗。