阿普唑仑和佐匹克隆相比较，佐匹克隆的副作用小些。两种药物都需在专业医生指导下正确使用药物，减少不良反应的发生。
阿普唑仑为苯二氮卓类的镇静、安眠药物，通过药物抑制体内的神经递质功能，减少中枢重要神经元放电，从而产生镇静催眠作用，同时还具有抗焦虑、抗抑郁等作用。但用药后容易出现嗜睡、头昏、乏力，以及皮疹、白细胞减少、兴奋、多语、宿醉感等副作用；佐匹克隆属于非苯二氮卓类安眠药物，是一种新型安眠药，效果和阿普唑仑无明显区别，但口干、口苦、易怒等副作用较少见，症状轻，特别是老年人用药后宿醉感较少出现。两者相比较下佐匹克隆的副作用要小一些。
但两种药物都有用药禁忌，比如对阿普唑仑过敏者、肝肾功能损害者或闭角型青光眼等患者需禁用阿普唑仑；对佐匹克隆过敏者、失代偿的呼吸功能不全患者、重症肌无力患者等禁用佐匹克隆。所以选择用药时需严格在医生指导下使用，避免擅自用药，以免危害健康。