舌头右侧最里面底部疼可能是非疾病因素引起，也可能是疾病因素导致的，比如口腔溃疡、舌炎等。建议对因治疗。
一、非疾病因素：可能是进食质地过硬的食物，对舌头右侧最里底部划伤引起疼痛。一般在适当休息后能够逐渐改善。
二、疾病因素：
1、口腔溃疡：可能是饮食不当、免疫因素等原因引起口腔溃疡，患者的舌头、口腔黏膜会出现充血水肿，进而形成浅表溃疡，伴有灼痛，可遵医嘱使用促进溃疡面愈合的药物进行治疗，常用的药物有冰硼散、口腔溃疡散、重组人表皮生长因子凝胶等。
2、舌炎：可能是营养缺乏、细菌感染等原因引起舌炎，炎症对口腔黏膜、舌头根部造成刺激，出现疼痛的症状。可以在医生指导下使用抗生素类的药物进行治疗，常用的药物有头孢克洛胶囊、阿莫西林胶囊、罗红霉素分散片等，能够起到抗菌消炎的作用。
除此以外，还可能是牙龈炎、舌乳头炎、舌癌等原因导致的。建议及时就诊，通过系统性检查明确病因后采取规范的治疗。