晚上睡觉起来嘴巴肿了可能是非疾病因素，也可能是疾病因素，比如牙髓炎、口腔溃疡等。
一、非疾病因素：夜间睡眠时被蚊子叮咬，也可造成嘴巴明显肿胀，由于蚊子的唾液中含有蛋白质类的物质，会刺激局部皮肤产生变态反应，最终引起局部出现炎症性水肿。一般不用特殊治疗，可逐渐好转，注意避免抓挠局部。
二、疾病因素
1、口腔溃疡：口腔溃疡会使口腔黏膜屏障受损，感染扩散到周围组织出现炎症反应，比如疼痛、肿胀。建议遵医嘱使用口腔溃疡膜、冰硼含片、西地碘含片等药物促进溃疡愈合，缓解嘴巴肿。
2、牙髓炎：牙髓炎是发生在牙髓组织的炎症性疾病，如果没有及时治疗，炎症会扩散到口腔周围其他组织，从而导致嘴巴肿胀。可遵医嘱采取直接盖髓术、间接盖髓术和牙髓切断术等方法保留活髓，同时缓解症状。
另外，还可能是牙龈炎、荨麻疹、系统性红斑狼疮等原因导致。建议到医院就诊，在医生的指导下检查治疗，防止延误病情，加大治疗难度。