舌头根上面有小疙瘩，咽口水感觉有点噎，考虑可能是扁桃体炎、慢性咽炎、舌乳头炎、疱疹性咽峡炎、舌下腺囊肿等原因引起的，可针对不同的原因进行相应的药物治疗、手术治疗。
1、扁桃体炎：由于身体免疫力下降，导致病毒或细菌感染，引起扁桃体充血肿胀，局部淋巴滤泡也会增生，会感觉咽喉部有东西。若是病毒感染，可遵医嘱服用清热解毒药物，例如蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、复方金银花颗粒等。若是细菌感染，可遵医嘱口服抗生素药物，例如青霉素V钾片、阿莫西林克拉维酸钾片、头孢氨苄胶囊等。
2、慢性咽炎：病因较为复杂，可能是细菌感染、环境、职业、咽喉反流等因素，持续性对咽喉部造成刺激，导致咽喉部黏膜、淋巴组织发生慢性炎症，咽喉壁淋巴滤泡容易增生。一般需遵医嘱服用清喉利咽颗粒、清咽滴丸、银黄含片等药物，可起到消炎的作用。
3、舌乳头炎：舌乳头本身分布在舌体后缘部位。如果发生炎症可导致局部水肿、疼痛、异物感等症状。可遵医嘱口服抗生素药物治疗，例如阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片、阿奇霉素分散片等。
4、疱疹性咽峡炎：由于肠道病毒感染引起的急性上呼吸道感染性疾病，由于舌头根部可能会有疱疹，感觉像是小疙瘩，并伴随咽痛、乏力等症状。可遵医嘱使用抗病毒口服液、蒲地蓝消炎口服液、重组人干扰素α2b喷雾剂等药物治疗，可缓解疼痛症状。
5、舌下腺囊肿：因腺体导管远端堵塞或腺体导管破损引起的，黏液溢入组织内会形成囊肿，一般会分布在舌下区，大多无明显不适症状。如果感觉不适，可采取切除舌下腺治疗。
为明确原因，可到医院就诊，配合医生进行检查和针对性治疗。