肛瘘手术后肛门缺了个口可能是手术本身引起，也有可能是继发性感染、肛瘘复发、肛裂、大便失禁等引起的，需要针对引发的原因采取治疗措施。
1、手术本身：肛瘘通常是给予瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等，无论选择哪种类型的手术，都会对肛门组织造成一定的损伤，引发肛门组织缺损，因此手术后可发现肛门部位有较小的缺口。通常不需要特殊处理，做好局部的卫生和护理措施即可，保持肛门部位的清洁和干燥。
2、继发性感染：如果手术后没有做好伤口部位的护理措施，容易增加继发性感染的发生概率，而病原微生物在繁殖过程中，也会诱发皮肤部位有明显的缺损，还伴有红肿、疼痛的症状。可在医生的指导下给予阿莫西林胶囊、甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗，也要使用碘伏对伤口部位进行消毒。
3、肛瘘复发：可能是因为手术后没有认真配合医生换药，导致伤口愈合不良，造成肛瘘复发，使手术部位出现明显的损伤，还伴有肿胀、瘙痒、潮湿的症状。通常需要再次进行手术切除瘘管，有助于病情恢复，同时还要避免久站、久坐或者是过度劳累。
4、肛裂：具体病因尚不明确，可能和长期便秘、粪便干结、腹泻等因素有关，上述因素可引起肛管皮肤全层破裂，患者同时会出现肛门疼痛、便秘、便血等症状，可遵医嘱使用红霉素软膏、利多卡因凝胶等药物进行治疗。
5、大便失禁：是一种消化道以及慢性神经疾病，主要表现为无法自主控制排泄活动，所以部分患者会感觉到肛门缺失了一个口，同时可能会出现肛周瘙痒、肛门疼痛等症状。可遵医嘱使用开塞露、乳果糖口服溶液等药物进行治疗。
患者要做好局部的卫生和护理措施，经常使用温水对局部进行冲洗，尤其是上完厕所之后可采取温水坐浴，减少粪便对创口的刺激，有利于创面愈合。