褪黑素被称为睡眠激素由松果体分泌，可有效起到调节生物钟和睡眠的功能，使用时的副作用大不大，应在医生指导下根据摄入的量进行分析，比如摄入量较少一般影响不大，但如果摄入量过多就会产生较大的副作用。
由于褪黑素与其他药物相较没有潜在的成瘾性，若能够遵医嘱对摄入量进行控制，在适当剂量下短时间进行使用，一般并不会产生过大的副作用，还能对睡眠问题起到良好的改善效果。
如果在摄入量未得到控制的基础上又长期使用，通常就会产生相对较大的副作用，可能会对大脑内部钟表的节律造成影响，导致反应时间变慢和注意力不集中等情况产生，部分症状比较严重的，还可能会在用药后出现恶心、头痛等不适反应。
此外，为避免用药期间出现严重的副作用，要去医院在专业医师或药剂师的指导下用药。