打完甲肝疫苗后发热可能是免疫细胞产生致热源引起，也可能是受凉、上呼吸道感染等原因造成，应根据诱因进行处理。
1、免疫细胞产生致热源引起：甲肝疫苗可刺激机体免疫系统，因激活免疫细胞分泌白细胞介质、干扰素等细胞因子时，由于其有致热性，若作用在下丘脑垂体调节中枢会引起产热以及散热不平衡，导致体温稍微升高。一般无需采取特殊治疗，但应多注意休息，并且多留意体温变化。
2、受凉：打甲肝疫苗时需要将衣物脱掉露出手臂，若室内温度较低，容易受凉。机体在制热源的作用下，可使产热增加，由于散热不能相应增加，引起体温上升，还会伴随流鼻涕、打喷嚏等症状。需要做好局部保暖措施，并适当增加饮水量，对于38.5℃以下的发热者，可以辅助物理降温，如在额头部位贴退烧贴，使用温毛巾擦拭身体等，将体内多余的热量带出体外。
3、上呼吸道感染：主要是受到病毒感染引起。若免疫力低下，不良致病菌进入人体以后，会攻击细胞，并且引起身体免疫反应，释放大量细胞因子以及炎症因子。刺激人体调节中枢导致身体发热，并伴随头晕、咳嗽等症状。若体温高于38.5℃，可遵医嘱使用解热镇痛类的药物，比如阿司匹林肠溶片、布洛芬缓释片、对乙酰氨基酚片等药物，减少前列腺素合成，使体温调节中枢调节点下降。还应使用抗病毒类的药物，如利巴韦林片、磷酸奥司他韦胶囊、阿昔洛韦片等，有利于抑制以及杀灭致病菌。
此外，也不排除是皮肌炎、硬皮病、甲状腺炎、甲状腺功能亢进症、类风湿性关节炎、心肌梗死、白血病等原因引起，应观察身体情况，必要时前往医院就诊。