蛋白不耐受和乳糖不耐受的区别主要在于性质不同，一般需要根据个人情况进行分析。
蛋白不耐受通常属于过敏原的免疫反应，其中的蛋白即为过敏原，一般会出现腹痛、便血、吞咽困难、咳嗽、呼吸困难、皮疹等相关过敏的症状。而乳糖不耐受属于消化道问题的非免疫反应，主要是因为身体内缺少乳糖酶或者肠胃消化不好导致，可以理解为身体对乳糖不适应造成，通常会出现恶心、呕吐、腹部肠鸣音、腹泻、大便酸臭等症状。
无论出现蛋白不耐受或者乳糖不耐受等情况，均会对身体健康造成影响。建议患者前往医院就诊，由专业医生通过详细检查加以诊断，采取个体化治疗方案。