甲流一般是甲型流感病毒。三岁宝宝感染甲型流感病毒，出现甲型H1N1流感，发热39℃退不下来，通常可采取药物治疗和一般治疗相结合的方式，促进体温下降。
小孩因患甲型H1N1流感体温超过39℃，需要及时在医生的指导下使用抗病毒药物，比如磷酸奥司他韦颗粒、扎那米韦吸入粉雾剂、玛巴洛沙韦片等杀灭病原体，控制病情。由于体温已经超过39℃，还需要遵医嘱使用到退热药，比如布洛芬混悬液、布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚栓等，促进体温下降。由于儿童发热期间身体通常比较虚弱，抵抗力、免疫力也比较低，还应注意联合采取一般治疗方式，比如避免剧烈运动、多喝水、贴退热贴、温水擦浴等，有助于促进身体中的热量散发，加速病情好转。
儿童的身体尚未发育完成，出现发热情况后应及时就医，查明原因后再治疗。