早上起床总是小腹疼可能是非疾病因素导致，也可能是疾病因素导致，比如慢性胃炎、胃溃疡等，明确原因后再针对性治疗。
一、非疾病因素
夜间睡觉时，如果夜间有憋尿的情况时，由于尿液在膀胱内聚集过多，早上醒来时膀胱逼肌收缩，就可能会出现腹部不适。一般在排尿之后症状即可改善，无需特殊治疗。
二、疾病因素
1、慢性胃炎：由于慢性胃炎会导致胃黏膜损伤，使胃酸的分泌量增多，在早晨空腹状态下胃酸聚集时，会刺激胃壁引起小腹疼痛、嗳气、泛酸等症状。建议在医生指导下服用奥美拉唑肠溶胶囊、盐酸雷尼替丁胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物阻止胃酸分泌，控制胃部炎症，有助于症状的缓解。
2、胃溃疡：由于胃黏膜上存在溃疡性病变，在早上空腹状态下胃酸聚集过多时，刺激到溃疡部位，也会引起下腹部疼痛，并伴随胃胀、胃灼热、食欲不振等症状。建议在医生指导下服用奥美拉唑肠溶胶囊、兰索拉唑肠溶片、胶体果胶铋胶囊等药物，保护胃黏膜，抑制胃酸分泌，帮助改善症状。
此外，还可能是肠梗阻、肠胃结石、溃疡性结肠炎、盆腔炎等原因造成的，症状持续时间过长，建议及时就医诊治。