内窥镜取结石可能有结石碎片残留、疼痛、尿道感染等弊端。
1、结石碎片残留：结石可能存在嵌顿，或者有很多小碎石紧粘附在泌尿道黏膜，容易发生取石不彻底的情况。
2、疼痛：内窥镜取结石需要将输尿管进行扩张，难免会造成黏膜撕裂，通常无法避免，因此会出现疼痛感。
3、尿道感染：内窥镜取石属于微创治疗结石的方法，手术过程中需要内窥镜通过尿道进入体内，这是逆行的取石操作，易对尿道黏膜造成损伤，增加感染的风险。
除此之外，还可能出现尿道狭窄、输尿管狭窄、尿道萎缩等弊端。结石患者需要到医院就诊，由专业的医生来进行治疗。