吃了枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊大便次数增加考虑与药物服用方式不当、受凉、急性胃肠炎等原因有关。可根据不同原因采取处理方法。
1、药物服用方式不当：如果患者在服用药物期间未严格遵医嘱，或者未按照说明书上剂量服用，会影响肠道正常菌群平衡调节。建议按照说明书上正确剂量服用，然后观察大便次数是否恢复正常。
2、受凉：如果患者在服用药物期间，腹部受到寒冷刺激，容易引起肠管痉挛收缩，肠道蠕动增强，而增加大便次数，同时还会出现腹胀、腹痛等症状。此类人群应做好腹部保暖工作，适当调整饮食结构，不要吃生冷、辛辣等刺激性的食物。
3、急性胃肠炎：如果患者本身有急性胃肠炎疾病，单纯吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊并不能将原发病控制住，当胃肠道炎症刺激肠道蠕动时，会引起腹泻、腹痛、恶心等不适症状。除了遵医嘱服用枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊药物以外，还要在医生指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、诺氟沙星胶囊等抗感染药物。
除此之外，还有可能是细菌性肠炎、病毒性肠炎、克罗恩病、急性出血坏死性肠炎、溃疡性结肠炎等原发疾病导致的。对于症状持续不见缓解者，应到医院处理。