用非无菌棉签是否会感染取决于个人情况，如果皮肤黏膜没有破损，一般不会感染。如果皮肤黏膜有破损，有可能会感染。
如果只是单纯使用非无菌棉签清洁耳道、鼻腔等部位，且清理的部位没有伤口出现，一般是不会感染的，因为细菌、病毒等病原菌，不会通过完好的皮肤进入到皮下。
如果使用非无菌棉签用于伤口的处理，就可能会引起感染，因为非无菌性棉签并没有给予规范的消毒处理，表面可能会携带有少量的病原菌，与皮肤接触时病原菌可能会通过皮肤破损口渗入到皮下，并在局部大量繁殖，诱发感染。
所以在清洁伤口的时候，要尽量选择灭菌的医用棉签，降低被感染的几率。长时间暴露在空气中或者已经被污染的棉签，也尽量不要使用。