小孩不能自主入睡的原因常见的有宝宝缺乏安全感、消化不良、缺钙、维生素D缺乏症、蛲虫病等。
1、宝宝缺乏安全感：亲人离开、有被虐史或性格比较内向、敏感的孩子容易缺乏安全感，出现不能自己独立睡觉、哭闹、紧张等情况。多与孩子沟通，帮助孩子多结交朋友、玩伴，营造良好的家庭环境、学习环境，有助于提高安全感改善症状。
2、消化不良：睡前进食过多，导致消化负担过重，使食物不能正常消化、代谢、吸收，发生消化不良，引起比较明显的腹胀、恶心、腹痛等症状，也会影响睡眠，导致小孩长时间睡不着以及哭闹等现象。遵医嘱使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌胶囊、乳酸菌素片等益生菌，有利于病情好转。
3、缺钙：高钙食物摄入过少或钙吸收率比较低，使儿童出现比较明显的缺钙，容易诱发夜惊、抽搐、腿疼等症状，出现不能自主入睡或者入睡后容易惊醒等情况。根据医生建议适当补充钙剂，比如牡蛎碳酸钙颗粒、赖氨酸磷酸氢钙颗粒、赖氨葡锌颗粒等，可以促进症状改善。
4、维生素D缺乏症： 膳食结构不合理、日照不足、缺乏运动等原因，可能会导致维生素D缺乏，发生维生素D缺乏症，使儿童出现比较明显的无力、腹泻、易激惹等现象，造成入睡困难、夜啼、多汗等不适。适当延长日晒时间以及在医生的指导下补充维生素D滴剂、维生素D2软胶囊、维生素D2注射液等药物，有助于改善病情。
5、蛲虫病：感染蛲虫虫卵发生蛲虫病，容易使儿童出现会阴部瘙痒、食欲下降、精神萎靡不振等情况，而且该病容易在夜间发作，所以会导致小孩不能正常入睡，入睡后容易醒等现象。遵循医生建议使用甲苯咪唑片、阿苯达唑片、盐酸左旋咪唑片等驱虫药，可以促进病情恢复。
儿童免疫力、抵抗力比较低下，如果出现不适，比如不能自主入睡、食欲不佳等，建议及时到医院就诊、检查、治疗。