手足口病疫苗第二针不良反应是否很大取决于个人情况，并不能一概而论。
手足口病疫苗通常用于预防手足口病的发生，一般情况下，第二针接种后的不良反应轻重程度与多种因素有关。如果本身的身体体质比较强，且在接种后能够做好局部卫生护理措施、防护措施，通常并不会出现明显的不良反应。但如果本身身体体质比较弱，或者在接种后没有做好局部卫生护理措施，以及用手抓挠，有可能会继发炎症感染，出现明显的不良反应，包括红肿、瘙痒、疼痛、流脓等。
通常在接种手足口病疫苗后，建议做好局部卫生护理措施，并给予观察，一旦出现明显的不良反应，还需就医，由专业医生处理。