手足口病体温低于36℃可能和环境、药物作用等因素有关，也不排除是贫血、垂体功能下降、甲状腺功能低下等原因起，需要根据引起原因进行治疗。
1、环境：如果穿衣较少，所处环境温度较低，机体散热较多，可使体温下降。
2、药物作用：患病时间如果服用了退热药物，药物作用会导致体温下降。
3、贫血：可导致血液携氧量下降，无法为机体各系统提供足够的氧气，导致机体产热不足，体温较低。
4、垂体功能下降：人体垂体前叶能够分泌多种激素，调控多个内分泌器官，垂体功能下降会导致人体基础代谢降低，从而体温偏低。
5、甲状腺功能减退：甲状腺激素分泌不足可导致全身代谢性降低，表现为心率下降、体温降低、畏寒等症状。
如果症状持续，建议及时就医，明确引起原因，针对处理。患病期间注意加强个人卫生，勤消毒，同时做好隔离措施，以免引起交叉感染。