肠镜检查是否痛苦需要根据自己选择检查方式来判断，如果选择注射麻醉，一般不会痛苦，反之可能会痛苦。
肠镜检查是将仪器从肛门处穿入到腹部直至盲肠，可以观察肠道内病变情况。当仪器进入到腹部时可能会引起腹部不适，但是在医生指导下注射麻醉剂或镇痛剂，例如丙泊酚注射液、依托咪酯注射液等，可以减轻身体的不适症状及疼痛感，所以一般不会有痛苦的感觉。
肠镜检查属于侵入式检查，容易引起腹部的不适及疼痛感，若身体对疼痛比较敏感，或者没有选择麻醉方式进行检查，可能会感觉比较痛苦，同时医生检查手法不熟练也会使疼痛感加重。
在做肠镜检查时尽量空腹，可以减少腹部不适症状，如果检查后腹部出现疼痛不适症状，应积极到医院就诊。