肛瘘患者可以根据自身病情严重程度，遵医嘱选择坐浴、肛瘘结扎、肛瘘堵塞、肛瘘切除手术、药物治疗等方式进行治疗。
1、坐浴：对于轻症肛瘘患者，治疗前期可以用中药药液、高锰酸钾洗液进行坐浴，对病灶处有杀菌、消炎等作用，为其他外治方式提供有利条件。
2、肛瘘结扎：肛瘘面积、深度情况较轻时，医生多建议保守治疗，对肛瘘部位进行结扎后也可使患肛门功能维持正常。
3、肛瘘堵塞：在单纯性肛瘘患者发作时期，使用生物蛋白胶注入瘘位起到堵塞作用，有一定阻断病情发展的功效。
4、肛瘘切除手术：肛瘘切除手术是将瘘管切开或者切除，让开放性的创面再次愈合，达到治愈目的。
5、药物治疗：对于肛瘘情况较为复杂的患者，手术预期较差时，可能会考虑让患者带瘘生活，可遵医嘱服用头孢克肟分散片、盐酸环丙沙星胶囊等药物抗感染治疗。
患者康复过程中要避免久坐、适当锻炼，以免病情有反复情况，出现不适反应时，及时前往医院处理。