结肠镜检查是否痛苦需根据自身情况来进行判断，多数人群痛苦感较低；但如果腹部做过手术，可能会比较痛苦。
结肠镜检查是当下发现肠道内肿瘤和癌症病变前较为有效的方法，是将装有微型电子摄影机的电子内镜放入肛门，依次通过直肠、结肠、盲肠等部位进行检查，但是这种方法是侵入性的检查方式，可能会引起腹部轻微不适，并且有想大便的感觉，这种疼痛程度大部分人群一般可以承受的。
如果腹部做过手术，容易造成腹腔内粘连，医生在检查过程中可能会触碰到粘连处，可能会引起腹部不适，出现剧烈疼痛。
如果对疼痛比较敏感，可在医生指导下使用麻醉药物，检查过后腹部若有不适，防止对身体造成影响，应积极到医院就诊。