小孩做微波治疗危害性是否大取决于有无遵医嘱规范操作，如果在医生指导下规范进行，一般不会对身体造成危害，如果私自盲目进行，存在一定的危害性。
微波治疗主要是利用微波的高频电磁波特性，来改善组织营养，促进炎症吸收，并提高机体的组织再生能力。该治疗方法比较常见，操作相对比较简单，安全性比较高，如果配合医生采取正确的方式、疗程进行治疗，能够有效降低对小孩的危害性。但如果家长私自给小孩操作，尤其是操作方法不规范或治疗时间过长，也有可能会出现出血、腹部疼痛、发热、恶心等并发症，而对小孩的身体健康造成危害。
如果小孩身体出现不适症状，不建议家长私自盲目进行微波治疗，可带小孩前往医院就诊，由专业医生干预。