新生儿扩肛通常需要扩3-6个月，具体需要根据个人的情况决定。
由于引起新生儿扩肛的诱因不同，因此扩肛的时间上也会有所不同，比如新生儿是肛门狭窄所采取的扩肛，通常扩肛3个月左右，新生儿即可正常排便。但若是先天性肛门闭锁，在做了手术以后肛门出现狭窄，也是需要进行扩肛的，一般可以扩3个月左右，但若狭窄的情况较为严重，可能需要延长至6个月，甚至是更长时间。对于需要扩肛的新生儿，通常医生会根据其具体情况，决定扩肛的时间。
在做过扩肛以后，也需要保持肛门部位清洁卫生，防止出现感染，并且遵从医生指导，定期前往复查。